Revista Peruana de Biología

Identificación bioinformática de Polimorfismos de Nucleótido Simple (PNSs) en genes de proteínas asociadas a queratinas en alpacas (Vicugna pacos)

Abstract This study aims to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within KRTAP genes in alpacas (Vicugna pacos), which play a fundamental role in defining their physico-mechanical properties and potentially the quality of alpaca fiber, the primary product of their breeding. Thirty-four KRTAP genes, as annotated in the reference genome VicPac3.1, were investigated. Utilizing the reference genome, along with nine additional genomes and reads from 300 reduced representation DNA libraries of alpacas, SNPs were identified. Minor allele frequency (MAF) and genotyping rates were computed using PLINK software, while Illumina Scores were determined for each SNP using Illumina Design Studio software. Markers meeting the criteria of MAF ≥ 0.05, genotyping rate > 45%, and Illumina Score ≥ 0.6 per SNP were selected. A total of 67 SNPs were identified within intronic, exonic, and untranslated regions of KRTAP genes. Among these, 35 SNPs were incorporated into the 76K Alpaca SNP microarray, with 32 SNPs subsequently validated in a population of 936 alpacas. In conclusion, our findings delineate SNPs within KRTAPs that hold potential utility in genome-wide association studies, thereby facilitating the integration of modern breeding technologies into alpaca breeding programs.

Resumen Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) dentro de los genes KRTAP en alpacas (Vicugna pacos), que juegan un papel fundamental en la definición de sus propiedades físico-mecánicas y la calidad de la fibra de alpaca, producto principal de su crianza. Se investigaron treinta y cuatro genes KRTAP, tal como están anotados en el genoma de referencia VicPac3.1. Utilizando el genoma de referencia, junto con nueve genomas adicionales y lecturas de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, se identificaron los PNSs. La frecuencia de los alelos menores (MAF) y las tasas de genotipificación se calcularon utilizando el software PLINK, mientras que los Illumina Score se determinaron para cada PNS utilizando el software Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores que cumplían con los criterios de MAF ≥ 0.05, tasa de genotipado > 45% e Illumina Score ≥ 0.6 por PNS. Se identificaron un total de 67 PNSs dentro de regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de genes KRTAP. Entre estos, se incorporaron 35 PNSs al microarray 76K Alpaca SNP, y posteriormente se validaron 32 PNSs en una población de 936 alpacas. En conclusión, nuestros hallazgos identificaron los PNSs dentro de los KRTAP que tienen una utilidad potencial en estudios de asociación de todo el genoma, facilitando así la integración de tecnologías de reproducción modernas en los programas de reproducción de alpacas.

Primeros registros del tigrillo Leopardus pardalis (Carnivora, Felidae) en el Santuario Histórico de Machupicchu, Cusco, Perú

Resumen Se reporta por primera vez la presencia del tigrillo u ocelote (Leopardus pardalis), en el Santuario Histórico de Machupicchu, mediante el uso de cámaras trampa. Se obtuvieron 21 registros fotográficos independientes en cuatro sectores de bosque montano entre junio de 2018 y marzo del 2020. El rango altitudinal registrado para esta especie dentro del Santuario comprende desde 2193 hasta 3414 metros de altitud, lo que incluye el segundo registro a mayor elevación en el Perú. Los registros indican un patrón de actividad catemeral, es decir sin ninguna preferencia de actividad horaria entre el día y la noche, y sugieren que la presencia de tigrillo en algunas áreas a más de 3000 m puede ser más común de lo que se pensaba, con ejemplares presentes todo el año.

Abstract We report for the first time the presence of the ocelot (Leopardus pardalis), in the Machupicchu Historic Sanctuary, using camera traps. Twenty-one independent photographic records were obtained in four montane forest sectors between June 2018 and March 2020. The altitudinal range recorded for this species within the Sanctuary ranges from 2193 to 3414 m of altitude, which includes the second highest elevation record in Peru. The records indicate a pattern of cathemeral activity, with no time preference between day and night, and suggest that the presence of ocelots in some areas above 3000 m may be more common than previously thought, with specimens present year-round.

Distribución geográfica y estado de conservación del cactus endémico Austrocylindropuntia pachypus y nuevos registros para el sur del Perú

Resumen Austrocylindropuntia pachypus (K.Schum.) Backeb. es un cactus endémico de Perú, cuya distribución conocida estaba restringida a las vertientes occidentales de La Libertad, Áncash y Lima. En base a expediciones botánicas por las estribaciones andinas de Ica, en este trabajo reportamos nuevas localidades con pequeñas poblaciones, lo que amplía en más de 260 km al sur la distribución conocida de A. pachypus. Además, en base a 42 registros georreferenciados, se amplía la información sobre sus localidades, poblaciones, distribución potencial, hábitats, amenazas y estado de conservación. El modelo de distribución potencial mostró altos niveles predictivos o de idoneidad con valores de AUC = 0.96 en base a siete variables climáticas, siendo Bio17, Bio2 y Bio7 las variables con mayor contribución; mostrando a Lambayeque, La Libertad, Áncash, Lima, Ica y Huancavelica los departamentos con mayores valores de idoneidad. Las poblaciones con mayor concentración de individuos, pero que a su vez se encuentran seriamente perturbadas por actividades antropogénicas, son las de los valles del río Chillón (Santa Rosa de Quives, Canta) y Rímac (Santa Eulalia, Huarochirí) en Lima. Asimismo, se estima que cerca del 70% de las poblaciones de A. pachypus se encuentran amenazadas por derechos mineros, extracción de hidrocarburos, sobrepastoreo y expansión urbana o agrícola, incrementando la fragmentación de sus hábitats, por lo que se propone categorizar a este cactus endémico como En Peligro (EN).

Abstract Austrocylindropuntia pachypus (K.Schum.) Backeb. is an endemic cactus of Peru, whose known distribution was restricted to the western slopes of La Libertad, Áncash, and Lima. Based on botanical expeditions along the Andean foothills of Ica, this study reports new localities with small populations, thereby extending the known distribution of A. pachypus by over 260 km to the south. Additionally, based on 42 georeferenced records, information on its localities, populations, potential distribution, habitats, threats, and conservation status is expanded. The potential distribution model exhibited high predictive or suitability levels with AUC values of 0.96 based on seven climatic variables, with Bio17, Bio2, and Bio7 being the most contributory variables; Lambayeque, La Libertad, Áncash, Lima, Ica, and Huancavelica demonstrated the highest suitability values. Populations with the highest concentration of individuals, yet significantly disturbed by anthropogenic activities, are those in the valleys of the Chillón River (Santa Rosa de Quives, Canta) and Rímac River (Santa Eulalia, Huarochirí) in Lima. Furthermore, it is estimated that approximately 70% of A. pachypus populations are threatened by mining rights, hydrocarbon extraction, overgrazing, and urban or agricultural expansion, exacerbating habitat fragmentation. Hence, it is proposed to categorize this endemic cactus as Endangered (EN).

Nicho trófico y bioclimático de dos especies andinas cercanamente emparentadas de Liolaemus (Squamata, Liolaemidae) en el sur del Perú

Resumen En el presente estudio, los nichos trófico y bioclimático de Liolaemus annectens y L. etheridgei son evaluados. Ambas especies se distribuyen en la región andina del sur del Perú. La comparación interespecífica del nicho trófico reveló a Lygaeidae (Hemiptera) como presa fundamental de L. etheridgei, mientras que las presas fundamentales en la dieta de L. annectens fueron larvas de Lepidoptera, Araneae, Curculionidae (Coleoptera) y Lygaeidae. Asimismo, se observó un importante consumo de material vegetal en ambas especies, por lo que pueden considerarse omnívoras. Ambas especies presentaron una baja amplitud de nicho trófico, con una tendencia especialista de consumo de presas, y un bajo solapamiento de nicho trófico. En cuanto al nicho Grinnelliano, la evaluación y comparación de modelos de nichos ecológicos, permitieron identificar las áreas de mayor idoneidad para la sobrevivencia de estas especies. Estas se encuentran en áreas de Arequipa, Moquegua y Tacna para L. etheridgei y en Arequipa, Puno, y Cusco para L. annectens. Ambas especies mostraron una baja superposición de nicho ecológico, rechazando la hipótesis de que ocupan nichos idénticos.

Abstract In the present study, the trophic and bioclimatic niches of Liolaemus annectens and L. etheridgei are evaluated. Both species are distributed in the Andean region of southern Peru. Interspecific comparison of the trophic niche revealed Lygaeidae (Hemiptera) as a fundamental prey for L. etheridgei, while the fundamental preys in the diet of L. annectens were Lepidoptera larvae, Araneae, Curculionidae (Coleoptera), and Lygaeidae. Additionally, a significant consumption of plant material was observed in both species, indicating an omnivorous diet. Both species exhibited a narrow trophic niche breadth, with a specialist tendency in prey consumption and low trophic niche overlap. Regarding the Grinnellian niche, evaluation and comparison of ecological niche models allowed the identification of areas of highest suitability for the survival of these species. These include some areas in Arequipa, Moquegua and Tacna for L. etheridgei, and some areas in Arequipa, Puno and Cusco for L. annectens. Both species showed low ecological niche overlap, rejecting the hypothesis of identical niches.

Taxonomic updates of Cheilanthes Sw. (Pteridaceae) in Peru, with a conservation assessment for four endemics

Resumen El género Cheilanthes en su concepto más reciente incluye tres clados distribuidos en Sudamérica, África y Australasia. Trabajos previos para el Perú registraron 23 especies, sin embargo, los avances en sistemática molecular han resultado en la segregación de ocho de ellas en al menos tres géneros. En este trabajo, se reconocen 15 especies en la flora peruana en base al estudio de 459 ejemplares de herbario y campo, y la evaluación de caracteres morfológicos usando 131 especímenes. Las afinidades entre los linajes propuestos en este trabajo son consistentes con la reciente hipótesis filogenética, donde las especies de Cheilanthes en el Perú serían integrantes de dos clados, el Sudamericano y el Australásico-Sudamericano, y los caracteres de importancia taxonómica serian: la forma de las escamas rizomáticas y tipos de indumento de la fronda (escamas, microescamas, escuámulas y pelos). Encontramos que el género Cheilanthes estaría presente en 20 departamentos del Perú, la mayoría de las especies con amplia distribución en las regiones centro-sur Andinas, cuatro especies con el estatus de endemismo. Mientras que C. cantangensis, C. lonchophylla y C. obducta están pobremente representadas en la región norte. Las dos primeras especies son consideradas endémicas y son categorizadas como En Peligro (EN), y otras dos como de Preocupación Menor (LC). Además, se presenta una clave taxonómica.

Abstract In its most recent concept, the genus Cheilanthes encompasses three clades distributed across South America, Africa, and Australasia. Previous studies in Peru recorded 23 species; however, advancements in molecular systematic have led to the segregation of eight of them into at least three genera. In this study, 15 species are recognized in the Peruvian flora based on the examination of 459 herbarium and field specimens, and the evaluation of morphological characters using 131 specimens. The affinities among the lineages proposed in this study are consistent with recent phylogenetic hypotheses, wherein Cheilanthes species in Peru are members of two clades, the South American and the Australasian-South American, with taxonomically important characters being the shape of rhizomatous scales and types of frond indumentum (scales, microscales, scuamules, and hairs). We found that the genus Cheilanthes is present in 20 departments of Peru, with most species having wide distribution in the central-southern Andean regions, four species having endemic status. Meanwhile, C. cantangensis, C. lonchophylla, and C. obducta are poorly represented in the northern region. The first two species are considered endemic and categorized as Endangered (EN), while the other two are classified as Least Concern (LC). Additionally, a taxonomic key is provided.

Una nueva especie de Cosmetocleithrum (Monogenea, Dactylogyridae) de las branquias de Auchenipterichthys coracoideus (Siluriformes, Auchenipteridae) de la Amazonía peruana

Abstract In this study, a new species of Monogenoidea, Cosmetocleithrum amazonensis n. sp., parasitizing the gills of the silurid Auchenipterichthys coracoideus (Eigenmann & Allen, 1942), is documented. Cosmetocleithrum amazonensis n. sp. is distinguished from all other congeners by possessing an elongated, sclerotized, and sinuous male copulatory organ (MCO) with poorly defined spirals, a sclerotized border at the base, and the distal region supported by the accessory piece. The accessory piece is a single, robust, and non-articulated plate with the MCO. This study presents the third record of a Monogenoidea species in an Auchenipteridae (Siluriformes) host from Peru.

Resumen En este trabajo se registra una nueva especie de Monogenoidea, Cosmetocleithrum amazonensis n. sp., parasitando las branquias del silurido Auchenipterichthys coracoideus (Eigenmann & Allen, 1942). Cosmetocleithrum amazonensis n. sp. se distingue de todas las demás especies congéneres por poseer un órgano copulador masculino (OCM) tubo alargado, esclerotizado y sinuoso, con espirales poco definidos, base con borde esclerotizado y con la región distal apoyada sobre la pieza accesoria. La pieza accesoria es una placa única, robusta y no articulada con el OCM. En este estudio se presenta el tercer registro de una especie de Monogenoidea en un hospedero Auchenipteridae (Siluriformes) del Perú.

Deformidad del pico en tres especies de aves del sudoeste de la Amazonia brasileña

Abstract Beak deformity have a frequency of 0.5% in wild bird populations. In addition to being rare, beak deformities are also poorly reported in the Brazilian scientific literature. Here we report beak deformities in the species: Dendrocincla merula, Amazona ochrocephala and Pheugopedius genibarbis, all of which occurred in southwestern Brazilian Amazon. Dendrocolaptids make intensive use of their beaks in the search for insects and small vertebrates, where they explore in cracks in wood with lateral blows. In the case presented here, this behaviour may have been the cause of the breakage of the tip of this individual's maxilla. In Brazilian territory, few species of parrots were recorded with deformity in the beak and in the individual in this work, everything indicates that Amazona ochrocephala was a captive animal, as it was excessively thin and its diet probably had a low content of vitamins and calcium, where their deficiency even when the animal was a puppy may have contributed to the deformity of the maxilla. Cases of beak deformities in species of the Troglodytidae family are rare, but the individual in this work presented an unusual curvature in the maxilla not observed in other individuals in museum collections. Only with more reports will we be able to better understand the occurrence and causes of these beak deformities in wild birds.

Resumen La deformidad del pico es una característica rara y tiene una frecuencia baja, con 0.5% de casos en poblaciones de aves silvestres. Además de ser raras, las deformidades del pico también son escasamente reportadas en la literatura científica brasileña. Reportamos aquí deformidades en los picos de aves de las especies: Dendrocincla merula, Amazona ochrocephala y Pheugopedius genibarbis, en los cuales todos los registros ocurrieron en el sudoeste de la Amazonia brasileña. Los dendrocoláptidos hacen uso intensivo del pico en la búsqueda de insectos y pequeños vertebrados, explorando en grietas de la madera con golpes laterales. En el caso aquí presentado, este comportamiento de exploración pudo haber sido la causa de la rotura de la punta del maxilar de este individuo. En el territorio brasileño, pocas especies de loros fueron registradas con deformidad en el pico y en el individuo de este trabajo, todo indica que Amazona ochrocephala era un animal de cautiverio, ya que estaba excesivamente delgado y su dieta probablemente tenía un bajo contenido de vitaminas y calcio, donde su deficiencia incluso cuando el animal era un joven puede haber contribuido a la deformidad del maxilar. Los casos de deformidades del pico en especies de la familia Troglodytidae son raros, pero el individuo de este trabajo presentaba una curvatura inusual en el maxilar no observada en otros individuos de esta especie depositados en la colección científica. Sólo con más informes podremos entender mejor la ocurrencia y las causas de estas deformidades del pico en aves silvestres.

Primer registro de Tagetes imbricata (Asteraceae, Tageteae) en Perú

Resumen Tagetes imbricata, una especie descrita recientemente para Argentina y Bolivia es registrada aquí por primera vez para Perú en base a colecciones de herbario y observaciones en campo disponibles en repositorios online de biodiversidad. Este nuevo registro expande significativamente el área de distribución de esta especie hacia el norte, abarcando en total más de 2000 kilómetros a lo largo de la cordillera de los Andes. Se presenta aquí por primera vez una ilustración para T. imbricata, detallando aspectos morfológicos. Se registran dos nombres vernáculos para esta especie: “kita-chick-chipa” y “chichijsa”.

Abstract Tagetes imbricata, a species recently described from Argentina and Bolivia, is reported here for the first time from Peru based on herbaria collections and field observations available at biodiversity online repositories. This new record significantly expands the distribution area of this species to the north, covering a total of more than 2000 kilometers along the Andes Mountains. An illustration for T. imbricata is here provided for the first time, detailing morphological aspects. Two vernacular names, “kita-chick-chipa” and “chichijsa”, are reported for this species.

Dos nuevos registros para la flora agrostológica de Perú

Resumen Se reporta por primera vez la presencia de Piptochaetium bicolor (Vahl) É. Desv. y Trichachne californica var. villosissima (Henrard) Wipff & Shaw para Perú, basada en colecciones realizadas en el ecosistema de formación de lomas costeras del departamento de Arequipa. Se presentan descripciones, fotografías, ilustraciones y una clave taxonómica para cada taxón.

Abstract The presence of Piptochaetium bicolor (Vahl) É. Desv. and Trichachne californica var. villosissima (Henrard) Wipff & Shaw are recorded for the first time from Peru, based upon collections made in the coastal lomas formations ecosystem of the department of Arequipa. Descriptions, photographs, illustrations and a taxonomic key are presented for each taxon.

Actualización de la flora epífita del Perú

Resumen A pesar de la alta diversidad de epífitas vasculares (EV) reportadas en Perú, no existe un listado actualizado que esté acorde con las nuevas delimitaciones taxonómicas y los nuevos conceptos de epífitas. En este trabajo actualizamos el listado de EV de Perú, a partir de una búsqueda bibliográfica y visitas a herbarios locales. Se actualizaron los nombres de las especies según World Flora Online, se confirmó su presencia en la EpiList, su distribución altitudinal y por departamento, su categoría de riesgo y endemismo; y finalmente, se estimó el coeficiente epífito. Encontramos 2462 especies, pertenecientes a 18 órdenes, 25 familias y 249 géneros. Las familias con mayor riqueza fueron Orchidaceae (1606), Bromeliaceae (201) y Piperaceae (139 spp.); el 85 % de las especies estaban en la EpiList (2088 spp.). El departamento con mayor riqueza fue Amazonas (709) y los de menor fueron Ica y Tacna (2 spp.). El rango altitudinal con mayor riqueza se ubica entre los 1501 - 2000 m (649); 689 especies son endémicas y 220 se encuentran en alguna categoría de riesgo; el cociente epífito es de 13.12. Esta actualización representa un incremento aproximado del 40%, lo que posiciona a Perú como el tercer país con mayor diversidad de EV. Se obtuvo un listado más completo y acorde con el concepto de epifitismo; con lo que se hace evidente la necesidad de incluir 384 especies a la EpiList, lo que ayudaría a complementar el listado global de EV en el mundo.

Abstract Despite the high diversity of vascular epiphytes (VE) reported in Peru, there is no updated checklist that is in line with the new taxonomic delimitations and the new concepts of epiphytes. In this study, we update the list of VE in Peru, based on a bibliographic search and visits to local herbaria. Species names were updated according to the World Flora Online, their presence in the EpiList was confirmed, as well as their altitudinal distribution and distribution by department, risk category, and endemism. Finally, the epiphyte coefficient was estimated. We found 2462 species, belonging to 18 orders, 25 families, and 249 genera. The families with the highest richness were Orchidaceae (1606), Bromeliaceae (201), and Piperaceae (139 spp.); 85% of the species were in the EpiList (2088 spp.). The department with the highest richness was Amazonas (709) and the lowest were Ica and Tacna (2 spp.). The altitudinal range with the highest richness is between 1501 - 2000 m (649); 689 species are endemic and 220 are in some risk category; the epiphyte quotient is 13.12. This update represents an approximate 40% increase, positioning Peru as the third country with the highest VE diversity. A more comprehensive list was obtained, in line with the concept of epiphytism, highlighting the need to include 384 species in the EpiList, which would help complement the global list of VE worldwide.

Nototriche chancoae (Malvoideae, Malvaceae), una especie nueva de los Andes de Lima, Perú

Resumen Se describe e ilustra a Nototriche chancoae, una nueva especie de los Andes de Lima, Perú. Esta especie se relaciona con N. glacialis, N. nigrescens y N. congesta por presentar láminas flabeliformes, hipófilo piloso, lado interno del cáliz piloso hacia el ápice de los lóbulos y corola con tubo presente; se distingue por tener vaginas más anchas y lado externo del cáliz con tubo glabro. Se incluyen la descripción, ilustración y fotografías de la especie nueva, así como también, una clave dicotómica de las especies de Nototriche más afines en morfología a N. chancoae.

Abstract Nototriche chancoae, a new species from the Andes of Lima, Peru, is described and illustrated. This species is related to N. glacialis, N. nigrescens and N. congesta in having flabellate laminae, hairy hypophyllum, inner side of the hairy calyx towards the apex of the lobes and corolla with tube present; It is distinguished by having wider vaginas and the outer side of the calyx with glabrous tube. The description, illustration and photographs of the new species are included, as well as a dichotomous key to the Nototriche species most similar in morphology to N. chancoae.