Scielo RSS <![CDATA[Revista Peruana de Biología]]> http://www.scielo.org.pe/rss.php?pid=1727-993320240001&lang=es vol. 31 num. 1 lang. es <![CDATA[SciELO Logo]]> http://www.scielo.org.pe/img/en/fbpelogp.gif http://www.scielo.org.pe <![CDATA[Identificación bioinformática de Polimorfismos de Nucleótido Simple (PNSs) en genes de proteínas asociadas a queratinas en alpacas (<em>Vicugna pacos</em>)]]> http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1727-99332024000100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es Abstract This study aims to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within KRTAP genes in alpacas (Vicugna pacos), which play a fundamental role in defining their physico-mechanical properties and potentially the quality of alpaca fiber, the primary product of their breeding. Thirty-four KRTAP genes, as annotated in the reference genome VicPac3.1, were investigated. Utilizing the reference genome, along with nine additional genomes and reads from 300 reduced representation DNA libraries of alpacas, SNPs were identified. Minor allele frequency (MAF) and genotyping rates were computed using PLINK software, while Illumina Scores were determined for each SNP using Illumina Design Studio software. Markers meeting the criteria of MAF ≥ 0.05, genotyping rate &gt; 45%, and Illumina Score ≥ 0.6 per SNP were selected. A total of 67 SNPs were identified within intronic, exonic, and untranslated regions of KRTAP genes. Among these, 35 SNPs were incorporated into the 76K Alpaca SNP microarray, with 32 SNPs subsequently validated in a population of 936 alpacas. In conclusion, our findings delineate SNPs within KRTAPs that hold potential utility in genome-wide association studies, thereby facilitating the integration of modern breeding technologies into alpaca breeding programs.<hr/>Resumen Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) dentro de los genes KRTAP en alpacas (Vicugna pacos), que juegan un papel fundamental en la definición de sus propiedades físico-mecánicas y la calidad de la fibra de alpaca, producto principal de su crianza. Se investigaron treinta y cuatro genes KRTAP, tal como están anotados en el genoma de referencia VicPac3.1. Utilizando el genoma de referencia, junto con nueve genomas adicionales y lecturas de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, se identificaron los PNSs. La frecuencia de los alelos menores (MAF) y las tasas de genotipificación se calcularon utilizando el software PLINK, mientras que los Illumina Score se determinaron para cada PNS utilizando el software Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores que cumplían con los criterios de MAF ≥ 0.05, tasa de genotipado &gt; 45% e Illumina Score ≥ 0.6 por PNS. Se identificaron un total de 67 PNSs dentro de regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de genes KRTAP. Entre estos, se incorporaron 35 PNSs al microarray 76K Alpaca SNP, y posteriormente se validaron 32 PNSs en una población de 936 alpacas. En conclusión, nuestros hallazgos identificaron los PNSs dentro de los KRTAP que tienen una utilidad potencial en estudios de asociación de todo el genoma, facilitando así la integración de tecnologías de reproducción modernas en los programas de reproducción de alpacas. <link>http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=00101000011000010100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es</link> <description>Abstract This study aims to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within KRTAP genes in alpacas (Vicugna pacos), which play a fundamental role in defining their physico-mechanical properties and potentially the quality of alpaca fiber, the primary product of their breeding. Thirty-four KRTAP genes, as annotated in the reference genome VicPac3.1, were investigated. Utilizing the reference genome, along with nine additional genomes and reads from 300 reduced representation DNA libraries of alpacas, SNPs were identified. Minor allele frequency (MAF) and genotyping rates were computed using PLINK software, while Illumina Scores were determined for each SNP using Illumina Design Studio software. Markers meeting the criteria of MAF ≥ 0.05, genotyping rate &gt; 45%, and Illumina Score ≥ 0.6 per SNP were selected. A total of 67 SNPs were identified within intronic, exonic, and untranslated regions of KRTAP genes. Among these, 35 SNPs were incorporated into the 76K Alpaca SNP microarray, with 32 SNPs subsequently validated in a population of 936 alpacas. In conclusion, our findings delineate SNPs within KRTAPs that hold potential utility in genome-wide association studies, thereby facilitating the integration of modern breeding technologies into alpaca breeding programs.<hr/>Resumen Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) dentro de los genes KRTAP en alpacas (Vicugna pacos), que juegan un papel fundamental en la definición de sus propiedades físico-mecánicas y la calidad de la fibra de alpaca, producto principal de su crianza. Se investigaron treinta y cuatro genes KRTAP, tal como están anotados en el genoma de referencia VicPac3.1. Utilizando el genoma de referencia, junto con nueve genomas adicionales y lecturas de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, se identificaron los PNSs. La frecuencia de los alelos menores (MAF) y las tasas de genotipificación se calcularon utilizando el software PLINK, mientras que los Illumina Score se determinaron para cada PNS utilizando el software Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores que cumplían con los criterios de MAF ≥ 0.05, tasa de genotipado &gt; 45% e Illumina Score ≥ 0.6 por PNS. Se identificaron un total de 67 PNSs dentro de regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de genes KRTAP. Entre estos, se incorporaron 35 PNSs al microarray 76K Alpaca SNP, y posteriormente se validaron 32 PNSs en una población de 936 alpacas. En conclusión, nuestros hallazgos identificaron los PNSs dentro de los KRTAP que tienen una utilidad potencial en estudios de asociación de todo el genoma, facilitando así la integración de tecnologías de reproducción modernas en los programas de reproducción de alpacas.</description> </item> <item> <title/> <link>http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=00101000011000010100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es</link> <description>Abstract This study aims to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within KRTAP genes in alpacas (Vicugna pacos), which play a fundamental role in defining their physico-mechanical properties and potentially the quality of alpaca fiber, the primary product of their breeding. Thirty-four KRTAP genes, as annotated in the reference genome VicPac3.1, were investigated. Utilizing the reference genome, along with nine additional genomes and reads from 300 reduced representation DNA libraries of alpacas, SNPs were identified. Minor allele frequency (MAF) and genotyping rates were computed using PLINK software, while Illumina Scores were determined for each SNP using Illumina Design Studio software. Markers meeting the criteria of MAF ≥ 0.05, genotyping rate &gt; 45%, and Illumina Score ≥ 0.6 per SNP were selected. A total of 67 SNPs were identified within intronic, exonic, and untranslated regions of KRTAP genes. Among these, 35 SNPs were incorporated into the 76K Alpaca SNP microarray, with 32 SNPs subsequently validated in a population of 936 alpacas. In conclusion, our findings delineate SNPs within KRTAPs that hold potential utility in genome-wide association studies, thereby facilitating the integration of modern breeding technologies into alpaca breeding programs.<hr/>Resumen Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) dentro de los genes KRTAP en alpacas (Vicugna pacos), que juegan un papel fundamental en la definición de sus propiedades físico-mecánicas y la calidad de la fibra de alpaca, producto principal de su crianza. Se investigaron treinta y cuatro genes KRTAP, tal como están anotados en el genoma de referencia VicPac3.1. Utilizando el genoma de referencia, junto con nueve genomas adicionales y lecturas de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, se identificaron los PNSs. La frecuencia de los alelos menores (MAF) y las tasas de genotipificación se calcularon utilizando el software PLINK, mientras que los Illumina Score se determinaron para cada PNS utilizando el software Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores que cumplían con los criterios de MAF ≥ 0.05, tasa de genotipado &gt; 45% e Illumina Score ≥ 0.6 por PNS. Se identificaron un total de 67 PNSs dentro de regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de genes KRTAP. Entre estos, se incorporaron 35 PNSs al microarray 76K Alpaca SNP, y posteriormente se validaron 32 PNSs en una población de 936 alpacas. En conclusión, nuestros hallazgos identificaron los PNSs dentro de los KRTAP que tienen una utilidad potencial en estudios de asociación de todo el genoma, facilitando así la integración de tecnologías de reproducción modernas en los programas de reproducción de alpacas.</description> </item> <item> <title/> <link>http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=00101000011000010100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es</link> <description>Abstract This study aims to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within KRTAP genes in alpacas (Vicugna pacos), which play a fundamental role in defining their physico-mechanical properties and potentially the quality of alpaca fiber, the primary product of their breeding. Thirty-four KRTAP genes, as annotated in the reference genome VicPac3.1, were investigated. Utilizing the reference genome, along with nine additional genomes and reads from 300 reduced representation DNA libraries of alpacas, SNPs were identified. Minor allele frequency (MAF) and genotyping rates were computed using PLINK software, while Illumina Scores were determined for each SNP using Illumina Design Studio software. Markers meeting the criteria of MAF ≥ 0.05, genotyping rate &gt; 45%, and Illumina Score ≥ 0.6 per SNP were selected. A total of 67 SNPs were identified within intronic, exonic, and untranslated regions of KRTAP genes. Among these, 35 SNPs were incorporated into the 76K Alpaca SNP microarray, with 32 SNPs subsequently validated in a population of 936 alpacas. In conclusion, our findings delineate SNPs within KRTAPs that hold potential utility in genome-wide association studies, thereby facilitating the integration of modern breeding technologies into alpaca breeding programs.<hr/>Resumen Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) dentro de los genes KRTAP en alpacas (Vicugna pacos), que juegan un papel fundamental en la definición de sus propiedades físico-mecánicas y la calidad de la fibra de alpaca, producto principal de su crianza. Se investigaron treinta y cuatro genes KRTAP, tal como están anotados en el genoma de referencia VicPac3.1. Utilizando el genoma de referencia, junto con nueve genomas adicionales y lecturas de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, se identificaron los PNSs. La frecuencia de los alelos menores (MAF) y las tasas de genotipificación se calcularon utilizando el software PLINK, mientras que los Illumina Score se determinaron para cada PNS utilizando el software Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores que cumplían con los criterios de MAF ≥ 0.05, tasa de genotipado &gt; 45% e Illumina Score ≥ 0.6 por PNS. Se identificaron un total de 67 PNSs dentro de regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de genes KRTAP. Entre estos, se incorporaron 35 PNSs al microarray 76K Alpaca SNP, y posteriormente se validaron 32 PNSs en una población de 936 alpacas. En conclusión, nuestros hallazgos identificaron los PNSs dentro de los KRTAP que tienen una utilidad potencial en estudios de asociación de todo el genoma, facilitando así la integración de tecnologías de reproducción modernas en los programas de reproducción de alpacas.</description> </item> <item> <title/> <link>http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=00101000011000010100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es</link> <description>Abstract This study aims to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within KRTAP genes in alpacas (Vicugna pacos), which play a fundamental role in defining their physico-mechanical properties and potentially the quality of alpaca fiber, the primary product of their breeding. Thirty-four KRTAP genes, as annotated in the reference genome VicPac3.1, were investigated. Utilizing the reference genome, along with nine additional genomes and reads from 300 reduced representation DNA libraries of alpacas, SNPs were identified. Minor allele frequency (MAF) and genotyping rates were computed using PLINK software, while Illumina Scores were determined for each SNP using Illumina Design Studio software. Markers meeting the criteria of MAF ≥ 0.05, genotyping rate &gt; 45%, and Illumina Score ≥ 0.6 per SNP were selected. A total of 67 SNPs were identified within intronic, exonic, and untranslated regions of KRTAP genes. Among these, 35 SNPs were incorporated into the 76K Alpaca SNP microarray, with 32 SNPs subsequently validated in a population of 936 alpacas. In conclusion, our findings delineate SNPs within KRTAPs that hold potential utility in genome-wide association studies, thereby facilitating the integration of modern breeding technologies into alpaca breeding programs.<hr/>Resumen Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) dentro de los genes KRTAP en alpacas (Vicugna pacos), que juegan un papel fundamental en la definición de sus propiedades físico-mecánicas y la calidad de la fibra de alpaca, producto principal de su crianza. Se investigaron treinta y cuatro genes KRTAP, tal como están anotados en el genoma de referencia VicPac3.1. Utilizando el genoma de referencia, junto con nueve genomas adicionales y lecturas de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, se identificaron los PNSs. La frecuencia de los alelos menores (MAF) y las tasas de genotipificación se calcularon utilizando el software PLINK, mientras que los Illumina Score se determinaron para cada PNS utilizando el software Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores que cumplían con los criterios de MAF ≥ 0.05, tasa de genotipado &gt; 45% e Illumina Score ≥ 0.6 por PNS. Se identificaron un total de 67 PNSs dentro de regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de genes KRTAP. Entre estos, se incorporaron 35 PNSs al microarray 76K Alpaca SNP, y posteriormente se validaron 32 PNSs en una población de 936 alpacas. En conclusión, nuestros hallazgos identificaron los PNSs dentro de los KRTAP que tienen una utilidad potencial en estudios de asociación de todo el genoma, facilitando así la integración de tecnologías de reproducción modernas en los programas de reproducción de alpacas.</description> </item> <item> <title/> <link>http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=00101000011000010100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es</link> <description>Abstract This study aims to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within KRTAP genes in alpacas (Vicugna pacos), which play a fundamental role in defining their physico-mechanical properties and potentially the quality of alpaca fiber, the primary product of their breeding. Thirty-four KRTAP genes, as annotated in the reference genome VicPac3.1, were investigated. Utilizing the reference genome, along with nine additional genomes and reads from 300 reduced representation DNA libraries of alpacas, SNPs were identified. Minor allele frequency (MAF) and genotyping rates were computed using PLINK software, while Illumina Scores were determined for each SNP using Illumina Design Studio software. Markers meeting the criteria of MAF ≥ 0.05, genotyping rate &gt; 45%, and Illumina Score ≥ 0.6 per SNP were selected. A total of 67 SNPs were identified within intronic, exonic, and untranslated regions of KRTAP genes. Among these, 35 SNPs were incorporated into the 76K Alpaca SNP microarray, with 32 SNPs subsequently validated in a population of 936 alpacas. In conclusion, our findings delineate SNPs within KRTAPs that hold potential utility in genome-wide association studies, thereby facilitating the integration of modern breeding technologies into alpaca breeding programs.<hr/>Resumen Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) dentro de los genes KRTAP en alpacas (Vicugna pacos), que juegan un papel fundamental en la definición de sus propiedades físico-mecánicas y la calidad de la fibra de alpaca, producto principal de su crianza. Se investigaron treinta y cuatro genes KRTAP, tal como están anotados en el genoma de referencia VicPac3.1. Utilizando el genoma de referencia, junto con nueve genomas adicionales y lecturas de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, se identificaron los PNSs. La frecuencia de los alelos menores (MAF) y las tasas de genotipificación se calcularon utilizando el software PLINK, mientras que los Illumina Score se determinaron para cada PNS utilizando el software Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores que cumplían con los criterios de MAF ≥ 0.05, tasa de genotipado &gt; 45% e Illumina Score ≥ 0.6 por PNS. Se identificaron un total de 67 PNSs dentro de regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de genes KRTAP. Entre estos, se incorporaron 35 PNSs al microarray 76K Alpaca SNP, y posteriormente se validaron 32 PNSs en una población de 936 alpacas. En conclusión, nuestros hallazgos identificaron los PNSs dentro de los KRTAP que tienen una utilidad potencial en estudios de asociación de todo el genoma, facilitando así la integración de tecnologías de reproducción modernas en los programas de reproducción de alpacas.</description> </item> <item> <title/> <link>http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=00101000011000010100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es</link> <description>Abstract This study aims to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within KRTAP genes in alpacas (Vicugna pacos), which play a fundamental role in defining their physico-mechanical properties and potentially the quality of alpaca fiber, the primary product of their breeding. Thirty-four KRTAP genes, as annotated in the reference genome VicPac3.1, were investigated. Utilizing the reference genome, along with nine additional genomes and reads from 300 reduced representation DNA libraries of alpacas, SNPs were identified. Minor allele frequency (MAF) and genotyping rates were computed using PLINK software, while Illumina Scores were determined for each SNP using Illumina Design Studio software. Markers meeting the criteria of MAF ≥ 0.05, genotyping rate &gt; 45%, and Illumina Score ≥ 0.6 per SNP were selected. A total of 67 SNPs were identified within intronic, exonic, and untranslated regions of KRTAP genes. Among these, 35 SNPs were incorporated into the 76K Alpaca SNP microarray, with 32 SNPs subsequently validated in a population of 936 alpacas. In conclusion, our findings delineate SNPs within KRTAPs that hold potential utility in genome-wide association studies, thereby facilitating the integration of modern breeding technologies into alpaca breeding programs.<hr/>Resumen Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) dentro de los genes KRTAP en alpacas (Vicugna pacos), que juegan un papel fundamental en la definición de sus propiedades físico-mecánicas y la calidad de la fibra de alpaca, producto principal de su crianza. Se investigaron treinta y cuatro genes KRTAP, tal como están anotados en el genoma de referencia VicPac3.1. Utilizando el genoma de referencia, junto con nueve genomas adicionales y lecturas de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, se identificaron los PNSs. La frecuencia de los alelos menores (MAF) y las tasas de genotipificación se calcularon utilizando el software PLINK, mientras que los Illumina Score se determinaron para cada PNS utilizando el software Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores que cumplían con los criterios de MAF ≥ 0.05, tasa de genotipado &gt; 45% e Illumina Score ≥ 0.6 por PNS. Se identificaron un total de 67 PNSs dentro de regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de genes KRTAP. Entre estos, se incorporaron 35 PNSs al microarray 76K Alpaca SNP, y posteriormente se validaron 32 PNSs en una población de 936 alpacas. En conclusión, nuestros hallazgos identificaron los PNSs dentro de los KRTAP que tienen una utilidad potencial en estudios de asociación de todo el genoma, facilitando así la integración de tecnologías de reproducción modernas en los programas de reproducción de alpacas.</description> </item> <item> <title/> <link>http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=00101000011000010100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es</link> <description>Abstract This study aims to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within KRTAP genes in alpacas (Vicugna pacos), which play a fundamental role in defining their physico-mechanical properties and potentially the quality of alpaca fiber, the primary product of their breeding. Thirty-four KRTAP genes, as annotated in the reference genome VicPac3.1, were investigated. Utilizing the reference genome, along with nine additional genomes and reads from 300 reduced representation DNA libraries of alpacas, SNPs were identified. Minor allele frequency (MAF) and genotyping rates were computed using PLINK software, while Illumina Scores were determined for each SNP using Illumina Design Studio software. Markers meeting the criteria of MAF ≥ 0.05, genotyping rate &gt; 45%, and Illumina Score ≥ 0.6 per SNP were selected. A total of 67 SNPs were identified within intronic, exonic, and untranslated regions of KRTAP genes. Among these, 35 SNPs were incorporated into the 76K Alpaca SNP microarray, with 32 SNPs subsequently validated in a population of 936 alpacas. In conclusion, our findings delineate SNPs within KRTAPs that hold potential utility in genome-wide association studies, thereby facilitating the integration of modern breeding technologies into alpaca breeding programs.<hr/>Resumen Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) dentro de los genes KRTAP en alpacas (Vicugna pacos), que juegan un papel fundamental en la definición de sus propiedades físico-mecánicas y la calidad de la fibra de alpaca, producto principal de su crianza. Se investigaron treinta y cuatro genes KRTAP, tal como están anotados en el genoma de referencia VicPac3.1. Utilizando el genoma de referencia, junto con nueve genomas adicionales y lecturas de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, se identificaron los PNSs. La frecuencia de los alelos menores (MAF) y las tasas de genotipificación se calcularon utilizando el software PLINK, mientras que los Illumina Score se determinaron para cada PNS utilizando el software Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores que cumplían con los criterios de MAF ≥ 0.05, tasa de genotipado &gt; 45% e Illumina Score ≥ 0.6 por PNS. Se identificaron un total de 67 PNSs dentro de regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de genes KRTAP. Entre estos, se incorporaron 35 PNSs al microarray 76K Alpaca SNP, y posteriormente se validaron 32 PNSs en una población de 936 alpacas. En conclusión, nuestros hallazgos identificaron los PNSs dentro de los KRTAP que tienen una utilidad potencial en estudios de asociación de todo el genoma, facilitando así la integración de tecnologías de reproducción modernas en los programas de reproducción de alpacas.</description> </item> <item> <title/> <link>http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=00101000011000010100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es</link> <description>Abstract This study aims to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within KRTAP genes in alpacas (Vicugna pacos), which play a fundamental role in defining their physico-mechanical properties and potentially the quality of alpaca fiber, the primary product of their breeding. Thirty-four KRTAP genes, as annotated in the reference genome VicPac3.1, were investigated. Utilizing the reference genome, along with nine additional genomes and reads from 300 reduced representation DNA libraries of alpacas, SNPs were identified. Minor allele frequency (MAF) and genotyping rates were computed using PLINK software, while Illumina Scores were determined for each SNP using Illumina Design Studio software. Markers meeting the criteria of MAF ≥ 0.05, genotyping rate &gt; 45%, and Illumina Score ≥ 0.6 per SNP were selected. A total of 67 SNPs were identified within intronic, exonic, and untranslated regions of KRTAP genes. Among these, 35 SNPs were incorporated into the 76K Alpaca SNP microarray, with 32 SNPs subsequently validated in a population of 936 alpacas. In conclusion, our findings delineate SNPs within KRTAPs that hold potential utility in genome-wide association studies, thereby facilitating the integration of modern breeding technologies into alpaca breeding programs.<hr/>Resumen Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) dentro de los genes KRTAP en alpacas (Vicugna pacos), que juegan un papel fundamental en la definición de sus propiedades físico-mecánicas y la calidad de la fibra de alpaca, producto principal de su crianza. Se investigaron treinta y cuatro genes KRTAP, tal como están anotados en el genoma de referencia VicPac3.1. Utilizando el genoma de referencia, junto con nueve genomas adicionales y lecturas de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, se identificaron los PNSs. La frecuencia de los alelos menores (MAF) y las tasas de genotipificación se calcularon utilizando el software PLINK, mientras que los Illumina Score se determinaron para cada PNS utilizando el software Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores que cumplían con los criterios de MAF ≥ 0.05, tasa de genotipado &gt; 45% e Illumina Score ≥ 0.6 por PNS. Se identificaron un total de 67 PNSs dentro de regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de genes KRTAP. Entre estos, se incorporaron 35 PNSs al microarray 76K Alpaca SNP, y posteriormente se validaron 32 PNSs en una población de 936 alpacas. En conclusión, nuestros hallazgos identificaron los PNSs dentro de los KRTAP que tienen una utilidad potencial en estudios de asociación de todo el genoma, facilitando así la integración de tecnologías de reproducción modernas en los programas de reproducción de alpacas.</description> </item> <item> <title><![CDATA[Actualización de la flora epífita del Perú]]> http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1727-99332024000100010&lng=es&nrm=iso&tlng=es Resumen A pesar de la alta diversidad de epífitas vasculares (EV) reportadas en Perú, no existe un listado actualizado que esté acorde con las nuevas delimitaciones taxonómicas y los nuevos conceptos de epífitas. En este trabajo actualizamos el listado de EV de Perú, a partir de una búsqueda bibliográfica y visitas a herbarios locales. Se actualizaron los nombres de las especies según World Flora Online, se confirmó su presencia en la EpiList, su distribución altitudinal y por departamento, su categoría de riesgo y endemismo; y finalmente, se estimó el coeficiente epífito. Encontramos 2462 especies, pertenecientes a 18 órdenes, 25 familias y 249 géneros. Las familias con mayor riqueza fueron Orchidaceae (1606), Bromeliaceae (201) y Piperaceae (139 spp.); el 85 % de las especies estaban en la EpiList (2088 spp.). El departamento con mayor riqueza fue Amazonas (709) y los de menor fueron Ica y Tacna (2 spp.). El rango altitudinal con mayor riqueza se ubica entre los 1501 - 2000 m (649); 689 especies son endémicas y 220 se encuentran en alguna categoría de riesgo; el cociente epífito es de 13.12. Esta actualización representa un incremento aproximado del 40%, lo que posiciona a Perú como el tercer país con mayor diversidad de EV. Se obtuvo un listado más completo y acorde con el concepto de epifitismo; con lo que se hace evidente la necesidad de incluir 384 especies a la EpiList, lo que ayudaría a complementar el listado global de EV en el mundo.<hr/>Abstract Despite the high diversity of vascular epiphytes (VE) reported in Peru, there is no updated checklist that is in line with the new taxonomic delimitations and the new concepts of epiphytes. In this study, we update the list of VE in Peru, based on a bibliographic search and visits to local herbaria. Species names were updated according to the World Flora Online, their presence in the EpiList was confirmed, as well as their altitudinal distribution and distribution by department, risk category, and endemism. Finally, the epiphyte coefficient was estimated. We found 2462 species, belonging to 18 orders, 25 families, and 249 genera. The families with the highest richness were Orchidaceae (1606), Bromeliaceae (201), and Piperaceae (139 spp.); 85% of the species were in the EpiList (2088 spp.). The department with the highest richness was Amazonas (709) and the lowest were Ica and Tacna (2 spp.). The altitudinal range with the highest richness is between 1501 - 2000 m (649); 689 species are endemic and 220 are in some risk category; the epiphyte quotient is 13.12. This update represents an approximate 40% increase, positioning Peru as the third country with the highest VE diversity. A more comprehensive list was obtained, in line with the concept of epiphytism, highlighting the need to include 384 species in the EpiList, which would help complement the global list of VE worldwide. <link>http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=01000109332024000100010&lng=es&nrm=iso&tlng=es</link> <description>Resumen A pesar de la alta diversidad de epífitas vasculares (EV) reportadas en Perú, no existe un listado actualizado que esté acorde con las nuevas delimitaciones taxonómicas y los nuevos conceptos de epífitas. En este trabajo actualizamos el listado de EV de Perú, a partir de una búsqueda bibliográfica y visitas a herbarios locales. Se actualizaron los nombres de las especies según World Flora Online, se confirmó su presencia en la EpiList, su distribución altitudinal y por departamento, su categoría de riesgo y endemismo; y finalmente, se estimó el coeficiente epífito. Encontramos 2462 especies, pertenecientes a 18 órdenes, 25 familias y 249 géneros. Las familias con mayor riqueza fueron Orchidaceae (1606), Bromeliaceae (201) y Piperaceae (139 spp.); el 85 % de las especies estaban en la EpiList (2088 spp.). El departamento con mayor riqueza fue Amazonas (709) y los de menor fueron Ica y Tacna (2 spp.). El rango altitudinal con mayor riqueza se ubica entre los 1501 - 2000 m (649); 689 especies son endémicas y 220 se encuentran en alguna categoría de riesgo; el cociente epífito es de 13.12. Esta actualización representa un incremento aproximado del 40%, lo que posiciona a Perú como el tercer país con mayor diversidad de EV. Se obtuvo un listado más completo y acorde con el concepto de epifitismo; con lo que se hace evidente la necesidad de incluir 384 especies a la EpiList, lo que ayudaría a complementar el listado global de EV en el mundo.<hr/>Abstract Despite the high diversity of vascular epiphytes (VE) reported in Peru, there is no updated checklist that is in line with the new taxonomic delimitations and the new concepts of epiphytes. In this study, we update the list of VE in Peru, based on a bibliographic search and visits to local herbaria. Species names were updated according to the World Flora Online, their presence in the EpiList was confirmed, as well as their altitudinal distribution and distribution by department, risk category, and endemism. Finally, the epiphyte coefficient was estimated. We found 2462 species, belonging to 18 orders, 25 families, and 249 genera. The families with the highest richness were Orchidaceae (1606), Bromeliaceae (201), and Piperaceae (139 spp.); 85% of the species were in the EpiList (2088 spp.). The department with the highest richness was Amazonas (709) and the lowest were Ica and Tacna (2 spp.). The altitudinal range with the highest richness is between 1501 - 2000 m (649); 689 species are endemic and 220 are in some risk category; the epiphyte quotient is 13.12. This update represents an approximate 40% increase, positioning Peru as the third country with the highest VE diversity. A more comprehensive list was obtained, in line with the concept of epiphytism, highlighting the need to include 384 species in the EpiList, which would help complement the global list of VE worldwide.</description> </item> </channel> </rss> <!--transformed by PHP 04:10:03 14-10-2024-->